La Dirección del FONDEC está a cargo de un Consejo Directivo que dura tres años en sus funciones y está integrado por:

•  El Ministro de Cultura o su equivalente, quien lo preside como presidente y tiene doble voto en caso de empate. (Ticio Escobar)

Los miembros son:

•  Dos reconocidos exponentes de la comunidad cultural; uno nombrado por la Honorable Cámara de Senadores (Graciela Abbate) y el otro por la Honorable Cámara de Diputados (Elizabeth Vinader); a propuesta de sus respectivas Comisiones de Cultura y Educación.

•  Dos reconocidos exponentes de la comunidad empresarial vinculados a la actividad artística cultural; uno nombrado por la Honorable Cámara de Senadores (Gilberto Rivarola) y el otro por la Honorable Cámara de Diputados (Jorge Garbett); a propuesta de sus respectivas Comisiones de Cultura y Educación.

La administración del FONDEC está a cargo de la Directora Ejecutiva (Lic. Deisi Giménez) de reconocida capacidad en el campo de la gestión y administración cultural y artística nombrado por el Consejo Directivo.